《賽德克．巴萊》以整次事件的首領 ﹣馬赫坡社的頭目莫那魯道 ﹣為中心，講述居於霧社山林間、信仰彩虹的賽德克族，本來一直過着以打獵紡織為生的平穩的生活，但日治時代來臨，使他們淪為勞工及幫傭，更常常遭受日人的欺壓及剝削，連傳統信仰也遭到禁止和踐踏。

1930 年，新來的日警與馬赫坡社的族人於一場婚宴上因誤會而起衝突，自此他們便日夜活在懼怕日本警察報復的陰霾當中。賽德克的年輕人要求領袖莫那魯道帶領他們反擊日本人，莫那魯道雖然深知這是一場必輸的戰爭，但明白只有為民族尊嚴而戰，他們才能夠成為真正驕傲的賽德克人，在死後踏上讓祖靈認同的彩虹橋。

於是，他率領族內300 個族人，頭綁白布、拿起武器，發起了公學校大戰，令日本人死傷慘重。日本政府面對突如其來的猛烈攻擊，決定派出幾千名軍警往霧社討伐；而妻兒於襲擊中遭到殺害的巡警小島源治，則逼迫莫那魯道的世仇鐵木瓦力斯出兵，以協助日軍進行山區遊擊戰。一場以信仰為名、夾雜着新仇舊恨的戰役即將在這個櫻花盛開的漫紅山林裏爆發……

與一眾描繪抗日歷史的電影不同，導演魏德聖無意在民族仇恨中着墨，卻選擇聚焦在每個角色展現的人性，以及賽德克人所爭取屬於靈魂的自由上面。無論是捍衛民族尊嚴的戰士莫那魯道、自小接受日本教育的原住民花岡兄弟、替日本人攻打自己族群的鐵木瓦力斯，還是捲入事件當中的日本人，導演都希望能夠站在他們的立場去考量，把他們還原為一個個有血有肉的人，讓觀眾從一個全新的角度去認識這段歷史。

魏德聖如此形容這部戲：「一個信仰彩虹的族群，跟一個信仰太陽的族群，他們在台灣的山區裡面遭遇了，彼此為了信仰而戰，但是他們忘記了，他們信仰的，其實是同一片天空。」